1840年发生的鸦片战争，使中国历史进入近代史时期。中国近代史的总的特点是帝国主义列强侵略中国，使中国逐步沦入半殖民地半封建社会，中国各族人民进行了英勇的反帝爱国斗争，而清朝封建统治阶级为维护他们的统治，对外妥协退让，对内镇压人民的反抗。西藏近代史也具有和全国近代史相同的特点。

七世班禅呈给清朝光绪皇帝的奏书

二世策墨林活佛任摄政二十多年，权势很重，同时也与西藏僧俗产生了一些矛盾。1844年七世班禅等僧俗上层控告他贪赃受贿、勒索百姓，并有暗害九世达赖喇嘛、十世达赖喇嘛和虐待十一世达赖喇嘛的嫌疑，清朝命驻藏大臣琦善查办。琦善即是在鸦片战争中昏庸误国，在广州向英国侵略者妥协的投降派主要人物，后被革职，后来又被派到西藏任驻藏大臣。经琦善奏准，将二世策墨林撤职关押，期间曾被色拉寺僧人抢出，图谋翻案未成，被押送回甘南居住。琦善随即请七世班禅出任摄政，七世班禅在拉萨担任代理摄政七个多月，即辞职返回扎什伦布寺。清朝就任命九世热振活佛阿旺意希楚臣坚赞（锡德桑丹林）担任摄政。

十三世达赖赴京觐见慈禧太后图（壁画）

清朝皇帝赐给十三世达赖的法螺

此后，西藏地方的僧俗上层之间的矛盾接连不断。1855年摄政热振活佛和噶佗夏扎旺秋杰波等控告第穆活佛不守清规，经驻藏大臣奏准，将第穆活佛押往后藏宗喀监管。当年尼泊尔在英国的支持下再次派兵入侵后藏，西藏军民进行了英勇抵抗；但是由于当时清朝正忙于镇压太平天国，无法顾及，因此1856年在驻藏大臣赫特贺的主持下，由西藏地方和尼泊尔签订了协议，损害了西藏地方的利益。此后不久，夏扎旺秋杰波又和热振活佛发生矛盾，夏扎等人对摄政的权力提出挑战，但是热振活佛取得了胜利，旺秋杰波被免职并关押在尼木庄园，又因其妻告发他与尼泊尔官员通信，摄政派代本吞巴去处理他，他争取到吞巴代本的同情，被允许在自己的庄园中剃发修行。1856和1858年通过金瓶掣签确定了八世班禅和十二世达赖喇嘛。1862年初夏扎和甘丹寺、哲蚌寺的一些上层僧人合谋，借发放布施的一些问题，鼓动两寺的僧人发动暴乱，驻藏大臣满庆偏袒暴乱者，摄政热振活佛携带印信逃出拉萨，到北京告状。驻藏大臣满庆即将夏扎旺秋杰波请出以协助办理商上事务的名义掌握摄政的职权。清朝一面批准满庆的奏请，一面派人进藏查办。但当时道路不通，拖了很久，此事也没有结果，1863年2月热振活佛就在北京去世。1864年夏扎旺秋杰波去世，这一场统治集团的斗争就不了了之。1866年清朝任命担任过甘丹赤巴和达赖喇嘛经师的四川打箭炉地方出生的高僧罗布藏青饶汪曲担任摄政，赐给诺门汗和呼图克图名号，此即一世德柱活佛。但是几年以后，1871年西藏又发生动乱，曾帮助夏扎旺秋杰波上台的甘丹寺僧人（后任基巧堪布）班垫登珠纠集部分僧俗官员和甘丹寺僧人，杀死多名僧俗官员，企图逼迫摄政德柱活佛下台，并废黜十二世达赖喇嘛。事情败露后，班垫登珠等逃往甘丹寺，摄政与驻藏大臣调集数千军队，围攻甘丹寺，班垫登珠战败后逃跑，在途中被杀。1872年摄政德柱活佛去世，十二世达赖喇嘛亲政，不到三个月就去世了。清朝任命济咙活佛阿旺贝丹曲吉坚赞为摄政，他在1876年主持寻访达赖喇嘛转世灵童，并通过驻藏大臣奏准免予金瓶掣签，认定了十三世达赖喇嘛。1882年八世班禅去世。1886年摄政济咙活佛去世，根据僧俗大众的推荐，清朝任命八世第穆活佛阿旺洛桑赤列饶杰为摄政。1888年通过金瓶掣签认定了九世班禅。1894年十三世达赖喇嘛已经十九岁，摄政第穆活佛辞去摄政职务，由达赖喇嘛亲政。到1899年又发生了达赖喇嘛和卸任的摄政的亲信之间的斗争，即“第穆妖鞋”的事件，第穆活佛及其亲信被捕，第穆活佛死在监狱中，丹吉林的庄园、寺庙和属民都被没收，并不准寻访其转世。

十三世达赖喇嘛土登嘉措像

十三世达赖喇嘛呈给光绪皇帝的奏书