金瓶掣签制度制定以后，从1793年开始，就分别在雍和宫和拉萨用金瓶掣签的办法确定呼图克图的转世。对达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统，清朝也坚持实行金瓶掣签的制度，不过也有免于掣签的特例。1795年，乾隆皇帝退位作了太上皇。乾隆帝退位后，接受了出家戒和比丘戒，派人专程给西藏送来他自己穿着僧装的画像。1798年，八世达赖喇嘛在布达拉宫三界殊胜寝殿内特设殿堂供奉乾隆皇帝的肖像。《八世达赖喇嘛传》记载说：“文殊大皇帝为了西藏人民的幸福，赏赐他自己的比丘持金刚装束的肖像，作为汉藏人民敬拜的对象。达赖喇嘛决定修建精舍供养。他指示：‘大皇帝乃诸佛之严父，至尊文殊菩萨化现的人主，为天神等众生的供拜对象。大皇帝慈爱雪域众生，护佑黄教。仰仗大皇帝之慈恩，宏扬宗喀巴大师之圣教，我等需圆满地供养圣像’。该精舍由噶伦夏扎巴和孜强佐格桑曲扎负责修建。精舍建在三界殊胜殿的中央，顶部用杨木制成，金质屋脊宝瓶，装饰极为华丽，纯金座，以窗棂隔断，内挂锦缎围幔，圣像前摆放着各种供品。像前方的阶梯上供放着金器、银器和羊脂玉、水晶石制成的各种器具，富丽堂皇。殿内陈放五种供品”。在七世达赖喇嘛时期，康熙皇帝的牌位也供在此殿中。由于金瓶掣签是乾隆皇帝全力主张制定的，所以在清代决定达赖喇嘛和班禅额尔德尼转世灵童的几次重要的金瓶掣签，都是在这里的乾隆皇帝画像和康熙皇帝的万岁牌位前举行的。

　　嘉庆九年(1804年)十月二十日八世达赖喇嘛圆寂，首次出现以金瓶掣签决定达赖喇嘛的转世问题。三年以后，摄政济咙呼图克图向驻藏大臣玉宁、文弼报告，在各地所报的灵异幼童中，以德格地方出生的春科土司的儿子最为灵异，全藏僧俗一致信服，认为是五世达赖喇嘛的再生，请求免于掣签认定为达赖喇嘛的转世。玉宁、文弼接报后与七世班禅、济咙呼图克图、第穆呼图克图及噶伦、代本等官员前往蔡公堂寺验看，数万僧俗向驻藏大臣一致恳请，并由僧俗官员集会写出禀帖，于是玉宁、文弼向嘉庆皇帝奏报验看灵童情形，并转奏七世班禅、济咙呼图克图领衔的请求将德格出生的灵童免于掣签作为达赖喇嘛的呼毕勒罕的奏折。此时嘉庆皇帝考虑不周，作为特例批准了驻藏大臣转奏西藏僧俗的请求，于是九世达赖喇嘛未经掣签得到认定，并在嘉庆十三年九月二十二日在布达拉宫坐床。第二天，为感谢皇帝特准免于掣签之恩，达赖喇嘛及摄政、经师、各大呼图克图等在布达拉宫萨松南杰殿供奉的乾隆皇帝御像和“当今皇帝万岁”牌前陈列供品，诵经祈愿大皇帝万寿无疆。

　　但是九世达赖喇嘛只活了十岁就在嘉庆二十年(1815年)圆寂了，到嘉庆二十四年二月驻藏大臣玉麟、珂实克奏称，摄政第穆呼图克图等说理塘出生的灵异幼童十分聪慧福相，应验卜兆，而且各处再也查不出可作呼毕勒罕之人，请求将理塘出生的灵童免于掣签作为达赖喇嘛的呼毕勒罕。但是这一次嘉庆皇帝不再允许免于掣签，并对玉麟、珂实克严加申斥。命令除理塘出生的幼童之外，必须再找到两名灵异幼童，方可将三名灵异幼童写签入瓶，遵照定制，对众诵经，举行金瓶掣签。嘉庆皇帝还特别规定，掣签时两名驻藏大臣一人封签，一人掣签，不让喇嘛僧人们经手，“其掣出者方系达赖喇嘛真呼毕勒罕，必能住世长久，为众信奉。”按照嘉庆皇帝的旨意，摄政二世策墨林活佛(此时原摄政第穆呼图克图已圆寂)派人分头到前后藏、工布、昌都等地寻访，又找到昌都出生的两名灵异幼童上报。而此时嘉庆皇帝已去世，其子道光皇帝继位。在道光元年(1821年)九月，道光皇帝才批准以理塘、昌都出生的三名幼童入瓶掣签。次年正月初七，将金本巴瓶从大昭寺迎请到布达拉宫的萨松南杰殿，由七世班禅率领僧众诵经供养九天，到正月十五举行了确定达赖喇嘛转世的首次金瓶掣签。藏文《十世达赖喇嘛传》记载当时的情形说：“水马年正月十五日，当太阳出山之时，班禅大师从罗布林卡前往布达拉宫，僧俗官员等一起到皇帝圣容前就座，不久两位驻藏大臣亦到达，当汉藏官员、喇嘛会齐后，由满文文书将三位灵童的名字用满文书写到三个名签上，然后由藏文文书在三个名签的另一面上用藏文书写三位灵童各自的名字，并共同看验核对无误。然后由灵(海)安班对金本巴瓶磕头致礼三遍，再将三个名签放入金本巴瓶中。然后诵经师等一起念诵祈请三宝慈悲护佑的真言，做三次猛力祈祷。然后由文(干)安班向金本巴瓶跪拜三次，将装有三支名签的金本巴瓶摇动，然后掣出确定转世灵童名字的一支名签，看视后高声宣布是理塘出生的幼童，并将名签交给班禅额尔德尼、策墨林诺门罕和灵(海)安班等在场的汉藏官员、喇嘛、贵族、僧俗人士看视，然后将名签插到放在金本巴瓶上首的盛满青稞的切玛中。由于金瓶掣签的结果与大众的愿望相符，真实无欺地完成了掣签认定，所以众人都极为欢乐和崇信。”这次金瓶掣签掣出的转世灵童即是十世达赖喇嘛楚臣嘉措，他于当年八月在布达拉宫坐床。

　　道光十七年十世达赖喇嘛圆寂，道光二十年(1840年)年底驻藏大臣奏报摄政策墨林诺门罕报称找到四名灵异儿童，经驻藏大臣和摄政等看验，均有灵异，请求以此四名幼童入瓶掣签。经道光皇帝批准后，次年五月在布达拉宫举行了金瓶掣签。

　　咸丰三年(1853年)七世班禅圆寂，咸丰五年(1855年)十一世达赖喇嘛圆寂，这样就出现了西藏历史上少见的差不多同时寻访认定达赖喇嘛和班禅大师转世的情形。咸丰六年(1856年)驻藏大臣赫特贺奏报，据扎什伦布寺索本堪布扎萨克喇嘛报告，在前藏霞克巴地方和后藏托卜加地方各找到灵异幼童一名，经过驻藏大臣和摄政等看验，认为俱有灵异，请求以此入瓶掣签认定。经咸丰皇帝批准后，将两名灵异幼童接到拉萨，于当年十一月二十三日在布达拉宫萨松南杰殿的皇帝玉容和牌位前，由摄政热振活佛和扎什伦布寺索本堪布等率领僧众诵经祈祷，由驻藏大臣满庆和赫特贺主持，举行金瓶掣签，掣出后藏出生的灵异幼童为七世班禅的转世，此即八世班禅丹贝旺秋。掣签结果经咸丰皇帝批准后，咸丰十年(1860年)十月，由驻藏大臣恩庆主持，八世班禅在扎什伦布寺举行坐床典礼。这是首次以金瓶掣签确定班禅额尔德尼的转世。

　　差不多与此同时，咸丰七年(1857年)摄政热振活佛向驻藏大臣报告，关于十一世达赖喇嘛的转世，已找到在桑日、沃喀、达布出生的三名灵异幼童，经驻藏大臣和摄政等人看验后，向咸丰皇帝做了奏报。得到皇帝批准后，次年正月在布达拉宫萨松南杰殿由驻藏大臣和摄政热振活佛等举行金瓶掣签，掣出沃喀出生的灵童为十一世达赖喇嘛的转世，经咸丰皇帝批准后，于咸丰十年(1860年)七月在布达拉宫坐床，此即十二世达赖喇嘛赤列嘉措。

　　光绪元年(1875年)十二世达赖喇嘛圆寂。两年后摄政济咙呼图克图向驻藏大臣松桂禀告，经过请班禅大师等人占卜授记，护法降神，明示灵童出生在东方或者东南方，从各地所报的灵异儿童中经班禅大师等考察，认为在达布朗敦村出生的幼童征兆殊异，举止非凡，为众人所瞩望，故祈请驻藏大臣转奏皇上恩准免于掣签，予以认定。此后在摄政的带动下，又由西藏各大呼图克图、噶伦及代本等官员、三大寺各扎仓堪布等僧俗大众集会，写成公禀，众人盖印画押，呈递驻藏大臣，恳请向皇上奏请免于掣签。于是驻藏大臣松桂向光绪皇帝奏请，经过皇帝批准，将在达布朗敦村出生的灵童免于金瓶掣签，认定为达赖喇嘛的呼毕勒罕，此即十三世达赖喇嘛图丹嘉措。

　　光绪七年(1882年)八世班禅圆寂。扎什伦布寺请十三世达赖喇嘛打卦占卜，请护法降神授记，经过将近五年的寻访，到光绪十三年(1887年)时，总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛诺门罕罗布藏顿珠向驻藏大臣文硕报告，经过仔细寻访和考察，找到在后藏托卜加、前藏达布、墨竹工卡地方出生的灵异幼童三名。文硕对几世班禅大师都出生于托卜加稍有疑问，指示摄政和罗布藏顿珠对托卜加出生的幼童再加考察，他们以该幼童确有灵异回复。结果文硕即以此奏报，经过光绪皇帝批准后，光绪十四年正月十五日在布达拉宫的萨松南杰殿举行了金瓶掣签仪式。而这一天正是英国侵略军在隆吐山向西藏军民发起猛烈进攻、西藏人民第一次抗英战争爆发的日子。这次金瓶掣签有十三世达赖喇嘛参加，由摄政第穆呼图克图、甘丹赤巴、扎什伦布寺扎萨克喇嘛等人诵经祈祷，因当时驻藏大臣只有文硕一人，故由文硕封签、掣签，结果掣出的是达布地方出生的幼童，此即九世班禅大师曲吉尼玛。经文硕将金瓶掣签的结果奏报并得到光绪皇帝批准后，光绪十八年(1892年)正月，九世班禅大师在扎什伦布寺坐床。

　　自乾隆皇帝制定金瓶掣签制度以后，直到辛亥革命的一百多年中，据理藩院不完全记载，仅在西藏地区就有近四十个主要活佛转世系统(含达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统)的转世灵童举行过金瓶掣签，举行金瓶掣签的次数有七十多次。这些转世灵童的认定涉及到格鲁派、宁玛派和噶玛噶举派的几个主要的支派。