1687年正月初一，在错那为灵童仓央嘉措安排了较为丰盛的筵席。席间，仓央嘉措说:“今明两天在布达拉有很多人聚会，要举行隆重的跳神、祭祀、敬献哈达等活动。”第巴•桑结嘉措得知后，为了使灵童长久安康，曾颂讼长寿经文，并根据五行星算，进行祈禳、投灵器、赎命等一系列宗教活动；为了使灵童产生学习文字的浓厚兴趣，还在色拉寺、哲蚌寺中向文殊菩萨进行祈祷。

　　藏历土龙年（1688年）3月7日，第巴•桑结嘉措听取了索朗坚赞关于灵童身体形态、言谈举止、神情观感等方面的情况汇报，“欢快异常，百感交集”，为秘密寻找灵童的成功而十分高兴。25日，又派人送给灵童祜佑神像、净水、茶叶等礼物，并且安排从布达拉宫朗杰扎仓的多巴卡，以供神的名义选出精细的糌粑定期送往错那。

　　仓央嘉措被当局认定为转世灵童后，就开始接受严格、系统的教育，1688年10月1日，灵童开始学习文字。由曲杰教授30个字母，其他内容由仲措•浪卡群登给予讲授。据称，灵童聪明异常，开始当天即掌握上、下加字，并能逐一进行拼读。从1689年开始，灵童同前世一样，自觉地修持午后不食的戒律，祭奉“九大舞姿神女”之像，并且已有预测吉凶的能力。

　　藏历金阳马年（1690年）8月5日，第巴•桑结嘉措派曲杰、珠坚林巴•洛桑欧珠等学问精深的高僧担任经师，指导灵童正式闻习佛法。8月23日，仓央嘉措八岁时，开始在纸上写字了。藏历金羊年（1691年）2月8日，索南坚赞活佛带回仓央嘉措真迹法诏到第巴•桑杰嘉措尊前；2月11日，仓央嘉措开始诵读第巴著作《白琉璃》；2月30日，桑杰嘉措回赠唐卡、书信、哈达、佛祖释迦牟尼像、法王宗喀巴大师像、莲花生大师三尊像、制胜女神像及平常所用的7副本尊护法神像等物。从此，灵童与第巴之间有了书信往来，他们间的联络全由曲杰和索朗坚赞二人来完成。从6月开始频繁地写字，并诵读第巴著作《白琉璃除垢》；7月11日仓央嘉措给第巴发去书有“转交于第巴”字样的真迹书信，于13日送达第巴之手；10月2日开始，仓央嘉措学习《内、外、别三种时轮》，背诵《九九表》，练习算术和粉板字。从当年起，仓央嘉措已经默诵诸多平常仪轨颂词及续部心诀等。

　　自1692年起，错那宗对灵童的服侍更加周密，而且从拉萨不断送来制做精美的各地风味食品、水果、衣服及各种用具等，逢年过节都有贺信和礼品。这时灵童身体健康，学习更加勤奋，曾系统学习了五世达赖著的《云裳》、仁蚌巴著的《诗镜注释》、《除垢经》、《释迦百行传》等，并在此期间完成了《马头明王修行法》一文的撰写。

　　藏历水阴鸡年（1693年）1月10日，仓央嘉措正式写下了五首著名的马头明王颂，时年11岁；2月10日法王卡热巴到达拉萨，带回仓央嘉措亲自写的马头明王仪轨颂词和诏书；10月15日，又书写与马头明王颂风格相近的文殊阿热巴杂仪轨颂词一文。藏历木狗年（1694年），仓央嘉措开始诵读相关密宗仪轨颂词和部分格鲁派的显宗典籍，当年第巴微染疾病，向仓央嘉措去了求解之信后，得到了详细的回复。6月22日，仓央嘉措开始学习声明学即梵文，28日起开始背诵《妙音声明论》；7月分由于多地流行天花，仓央嘉措亲自书写免去疾病、人丁兴旺之祈祷及免灾之方。

　　藏历木猪年（1695年）1月4日上午，仓央嘉措为新僧取法名，并行相关仪轨。5日晚起，他修四座长寿一周。仓央嘉措还亲自主持了一系列隆重的供祭法事，祭奠众护法神祗，特地向护法神母作了五次祭祀。11月11日，第巴等在五世达赖喇嘛灵塔前求卜，灵童何时迎请至布达拉宫之具体良辰吉日，并得出藏历牛年（1697年）9月或10月为佳的结果。藏历火鼠年（1696年）3月2日起，仓央嘉措熟记《四部医典》之《释续》；8月开始他熟记《三聚经》和宗喀巴大师的《极乐祈祷》。

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